«اختلاف فاحش دستمزدها و مرتبه علمی استادان در داخل با خارج از کشور»، «معیارهای خشک و غیرمنعطف برای ثبات و ارتقای شغلی» و «کم‌توجهی به جایگاه و مرتبه علمی دانشگاه‌ها و برخورد یکدست با تمام دانشکده‌ها و دانشگاه‌های داخل کشور» از مهم‌ترین عوامل مهاجرت نخبگان ایرانی عنوان شد
معاون وزیر امور خارجه در امور ایرانیان خارج از کشور، فوت میرزاخانی را ضایعه‌ای بزرگ برای جامعه علمی دانست.
معاون رییس جمهور و رییس سازمان انرژی اتمی در حاشیه مراسم ترحیم پرفسور مریم میرزاخانی در مسجد جامع شهرک، میرزاخانی را نابغه قرن دانست.