با اعتراض مرتضوی به حکم صادره، پرونده در شعبه 68 دادگاه تجدیدنظر مورد بررسی قرار گرفت که نهایتاً دادگاه محکومیت مرتضوی به تحمل 70 ضربه شلاق بابت تصرف غیرقانونی را تایید کرد اما محکومیت به 65 ضربه شلاق به اتهام اهمال در انجام وظیفه را نپذیرفت.
مدیرکل زندان‌های استان تهران گفت: سازمان زندانها طرح طبقه‌بندی دارد که هر زندانی کجا نگهداری شود و در نهایت تشخیص با ماست.
می‌خواهم بگویم قضاوت‌های ما باید عاقلانه و عادلانه باشد. ما قبل از انقلاب روحانی اعدامی، قاضی، نماینده مجلس و مسئول اعدامی داشته‌ایم اما بعد از انقلاب از حدود 1500نماینده‌ای که تاکنون داشته‌ایم تاکنون 3نفرشان مجرم شده‌اند. اسم این موارد را نمی‌شود فساد ساختاری مشکل ساز گذاشت.
نمی دانم که اتهام "معاونت در قتل" تا چه اندازه در مورد ایشان قابل تطبیق است ولی هر چه که هست دستگاه قضایی و سازمان های امنیتی و اطلاعاتی باید مراقب تکرار اینگونه غفلت!ها باشند تا اتهام قتل به آنان سنجاق نشود !
پیش از انتشار خبر دستگیری مرتضوی دادستان پیشین تهران در رابطه با احتمالات ممکن از محل حضور وی از تعدادی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی سوالاتی را مطرح شد که واکنش‌های جالبی داشت.
نعمت احمدی گفت: حاضر نیستم هیچ کس زندان بیفتد. اما خوشحالم از این که مجازات آقای مرتضوی باعث تنبه کسانی شود که می خواستند جا پای مرتضوی بگذارد. مرتضوی به خودش بد کرد. تمام اعمالی که برای مردم روا دانست،به خودش برگشت.
برخی منابع از دستگیری سعید مرتضوی خبر داده اند