امام خمینی ۱۹ شهریور ۱۳۵۸درپیامی به مناسبت رحلت آیت الله سید محمود طالقانی به ملت مسلمان ایران فرمودند: آقای طالقانی یک عمر در جهاد و روشنگری و ارشاد گذراند. او یک شخصیتی بود که از حبسی به حبس و از رنجی به رنج دیگر در رفت و آمد بود؛ و هیچ گاه در جهاد بزرگ خود سستی و سردی نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکی پس از دیگری از دست بدهم. او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود؛ زبان گویای او چون شمشیر مالک اشتر بود؛ بُرنده بود و کوبنده.
به گزارش جماران، متن پیام امام به شرح زیر است:
إنا للَّه و إنا الیه راجعون
۱۹ شهریور ۵۸- ۱۸ شوال ۹۹
فَمِنْهُمْ مَنْ قَضَی نَحْبَهُ وَ مِنْهُم مَنْ یَنتَظِرُ. عمر طولانی این عیب را دارد که هر روز عزیزی را از دست میدهد و به سوگ شخصیتی مینشیند و در غم برادری فرو میرود. مجاهد عظیم الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت الاسلام والمسلمین آقای طالقانی از بین ما رفت و به ابدیت پیوست و به ملأ اعلی با اجداد گرامش محشور شد. برای آن بزرگوار، سعادت و راحت و برای ما و امت ما، تأسف و تأثر و اندوه.
آقای طالقانی یک عمر در جهاد و روشنگری و ارشاد گذراند. او یک شخصیتی بود که از حبسی به حبس و از رنجی به رنج دیگر در رفت و آمد بود؛ و هیچ گاه در جهاد بزرگ خود سستی و سردی نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکی پس از دیگری از دست بدهم. او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود؛ زبان گویای او چون شمشیر مالک اشتر بود؛ بُرنده بود و کوبنده. مرگ او زودرس بود و عمر او با برکت. رحمت خداوند بر پدر بزرگوار او، که در رأس پرهیزکاران بود، و بر روان خودش که بازوی توانای اسلام. من به امت اسلام و ملت ایران و عائله ارجمند و بازماندگان او، این ضایعه بزرگ را تسلیت میدهم. رحمت بر او و بر همه مجاهدان راه حقّ. والسلام علی عبادالله الصالحین.
(صحیفه امام، ج9، ص 486)