همان سال 59 که جنگ شروع شد و صدام با ارتشی مسلح به ایران حمله کرد، علامه جعفری اصرار داشتند که وسیله ای برای رفتنشان به جبهه فراهم شود.
به گزارش خبرنگار جماران، از همان ماه های اولی که جنگ شروع شد، علامه جعفری اصرار داشتند که سری به جبهه و رزمندگان بزنند. می گفتند من کار نظامی بلد نیستم ولی می خواهم دیداری از مناطق جنگی داشته باشم. مرحوم حجت الاسلام سید کاظم صدر السادات در خاطره ای به این موضوع اشاره و چنین نقل کرده است:
در اوایل جنگ عراق با ایران (سال ۱۳۵۹)، آقای جعفری اصرار داشتند که مقدمات و وسیلۀ رفتن ایشان را به جبهه فراهم کنم. به بنده فرمودند: من کار نظامی بلد نیستم، اما مى خواهم دیدارى از مناطق جنگی داشته باشم.
در اواسط سال ۱۳۶۰ عده اى از روحانیون، خصوصاً آقاى سید جواد علم الهدى و فرزندان شان، و نیز مرحوم خاتمى بروجردى و آقاى وحیدى را جمع کرده و همچنین آقای غلامرضا جعفری فرزند استاد را، به همراه کامیون هاى کمک هاى مردمی، در قالب کاروانى به سمت جبهه راه انداختیم. آقای جعفری را در ماشین خودم که راننده اش بودم، همراه چند تن از علما نشاندم و به سمت جنوب حرکت کردیم.
وقتى به دزفول رسیدیم، ارتش صدام به اندازه اى نزدیک شده بود که گلوله های توپ و خمپاره به داخل شهر اصابت مى کرد. با آقای جعفری به زیرزمینى رفتیم و در آنجا از اینکه به دیدن رزمندگان آمده اند، بسیار خوشحال بودند. من برای استراحت به اتاقی دیگر رفتم، اما رزمندگان اطراف ایشان جمع شده بودند و از محضرش استفاده مى کردند. نیمه های شب در حدود ساعت ۱۲ یک موشک و دیگری ۵ دقیقه بعد به شهر دزفول اصابت کرد.
با مزاح به ایشان گفتم: استاد! سهمیۀ امشب دزفول تمام شد، برویم بالا منزلى که در آن بودیم. به منزل مرحوم آیت الله سید محمد نبوى رفتیم و آن منزل مشرف به رودخانه بود. در آن فضاى نیمه تاریک دیدم که استاد جعفری مرتب قدم مى زد و از سر و صدای آژیر آمبولانس ها و زخمى ها و ... بسیار در عذاب بود و اشک مى ریخت و دعا مى کرد. فرداى آن شب به میان رزمندگان در شهر دزفول رفتیم. وقتى استاد جعفری را دیدند، خیلى استقبال کردند. خلاصه، بعد از چند روز دیدار آقاى جعفرى با رزمندگان، ایشان به تهران بازگشتند.
نقل خاطره از: مرحوم حجت الاسلام سید کاظم صدر السادات
علامه محمدتقی جعفری، سرگذشت و ایام، ص ۳۲۴، دفتر نشر فرهنگ اسلامی، چاپ دوم، ۱۴۰۲
