شهید قدّوسی دریافته بود که مشکل اساسی دیانت و دینداران، روحانیونی هستند که اکثر آنان نه تناسبی با دنیای جدید دارند و نه از آن جوهره قدرتمند معنوی و معرفتی گذشته بهره‌ای برده‌اند.
به گزارش جماران؛ محمدحسین قدوسی در روزنامه ایران نوشت:
در ۱۴ شهریور ۱۳۶۰ یکی از روحانیون نواندیش، خلاق و انقلابی پیش از آنکه افکار بلندش به جامعه معرفی شود براثر ترورناجوانمردانه توسط منافقین کوردل به شهادت رسید و اندیشه اسلامی بویژه حوزههای علمیه از وجود پر برکتش محروم شدند. شهید آیت‌الله علی قدوسی از جمله یاران و همراهان شهید والامقام آیت‌الله دکتر بهشتی بود که همچون وی اهتمام خود را صرف تربیت عالمان خلاق و شجاع نمود و در کوران حوادث انقلاب بنا به اقتضای شرایط در کسوت دادستان کل انقلاب اسلامی پابه عرصه کارهای اجرایی گذاشت و در مدت کوتاه مسئولیتش مسیر اعتدال را طی نمود و عدالت اسلامی را عینیت بخشید. اهم فعالیت شهید قدوسی قبل از انقلاب صرف پایه‌ریزی یک سامانه آموزشی نو و پرثمر شد که به موازات تعلیم دیانت اسلام وتطبیق آن با اقتضائات روز از فعالیت سیاسی - مبارزاتی نیزغافل نبود. وی در کنار شهید آیت‌الله دکتر بهشتی اقدام به تأسیس مدرسه حقانی و مکتب توحید کرد و با اعمال شیوه‌ای نو و کارساز، این دو نهاد آموزشی را الگویی برای سایر مراکز آموزشی و فرهنگی قرار داد.
شاید برای نسل جوان امروزی که در دهه‌های اخیر دوران بلوغ فکری خود را پشت سر می‌گذارد کمتر قابل تصور باشد که مدرسه حقانی و مؤسسین آن، در دوران قبل از پیروزی انقلاب چگونه بودند و در چه فضایی به سر می‌بردند و چه تفاوت‌هایی بین فضای آن روز مدرسه حقّانی با تصویر امروز این مدرسه وجود دارد.
برای اکثر افرادی که به صورت عمومی با نام مدرسه حقّانی آشنایی دارند، حلقه دانش آموختگان حقّانی با قضایای مشخصی در فضای سیاسی کشور پیوند خورده است. آنان با حلقه دانش آموختگان مدرسه در قم و فضای قبل از انقلاب آن آشنایی ندارند و چه بسا چیزی از آن نشنیده‌اند. فضای زاهدانه و بشدت اخلاقی و متواضعانه حلقه دانش آموختگان قم نیز بستری ایجاد نموده که این ناآشنایی بیشتر و کامل‌تر باشد. اما آنانی که با این حلقه آشنایی دارند و حتی آنان که خود فضای قبل از انقلاب را مشاهده کرده‌اند هم شاید به یاد نیاورند که پدیده «مدرسه حقّانی» قبل از پیروزی انقلاب چه بوده است. اندیشه اصلاح در حوزههای علمیه سابقه طولانی دارد و خیلی پیشتر از مدرسه حقّانی شکل گرفته است ومی‌توان گفت که اصلاح گری و اصلاح‌طلبی به نوعی در ذات حوزههای علمیه است. ماهیت معرفتی و فکری حوزه در کنار سیر همیشگی آن این ذات متحول را شکل می‌دهد.
فضای عمومی وعادی حوزه در طول زمان گاهی تنزّلی و سیر آن به سوی پایین بوده است که این طبیعت هر جریان فکری است. از سوی دیگر جریان معنوی و فکری حوزه تربیت‌کننده انسان‌هایی است که در مقابل این سیر طبیعی مقاومت کرده و آن را برنمی‌تابند. چنین است که از دیر باز در میان جریان روحانیتی که بنیادهای به هم تنیده آن جامعه دینی را فرا گرفته و معارف نهادینه آن، قوام خود را پیدا کرده و محکم و استوار می‌نماید، جریان‌هایی برمی‌خیزد که ساز دیگری می‌زنند و اندیشه متفاوتی به سر دارند.
اختلاف و تصادم جریان‌های نواندیش و بنیادهای حاکم، پیوسته در تاریخ حوزه‌ها و روحانیت استمرار داشته و هر از چندی موجی نو بر پا می‌نموده است. این تصادم در بسیاری از موارد بدون تعارض‌های معرفتی وحتی فیزیکی نبوده است. در واقع روحانیت برخلاف بسیاری از اصناف و اقشار دیگر، به اقلیت محدود خود، شناخته شده و اعتبار و آبرو می‌گیرد. پیوسته در طول تاریخ، اقلیتِ بسیار محدود و اندکی از روحانیت در اوج قلّه‌های علم و عمل دینی بوده‌اند که نگاه جامعه و ارزیابی مردم از آنان، معیار قضاوت کلی بوده و اکثریت اقشار روحانیت از این آبرو و اعتبار بهره برده‌اند. اکثریتی که شاید در تعدادی از مواردِ عملکرد خود، تناسبی با این گروه اندک نداشته‌اند.
ارزش‌ها و اصولِ برتر که اعتبار و ارزش روحانیت در آن است، چه بسا در عملکرد این اکثریتِ حاکم بر دیانت و دینداران، سرنوشتی مبهم و شاید نامطلوب می‌یافت و در مصلحت و موقعیت جامعه، دیگر مجالی برای پاکبازی بزرگان و اسطوره‌های علم و تقوی وجود نداشت و آنان چنین استدلال می‌کردند که راه و چاره‌ای غیر از این نیست. چنین بود که هر از چندی اسطوره‌ای دیگر بر‌می‌خاست و‌سازی نو می‌نواخت. هرچند شاید به صورت عملی و آن گونه که در انقلاب‌های معرفتی زمان ما مرسوم است، آشکار و اعلام شده عمل نمی‌کرد اما با زندگی عملی خود راهی نو نشان می‌داد. اما و اما دیری نمی‌پایید که درروند تعمیم‌یابی این جریان، همچون گذشته کار به دست کاردانانی سپرده می‌شد که می‌دانستند چگونه مصلحت را رعایت کنند و خود را به سرمنزل مقصود برسانند.
شهید قدوسی پیشتاز در اصلاحات
با تمام اینها اصلاح گری در دوران اخیر شکل و محتوای جدیدی پیدا کرده بود. شاید شروع اصلاح گری جدید را بتوان همزمان با انقلاب مشروطه دانست اگرچه قبل از آن سید جمال‌الدین اسدآبادی نمونه روشن و غیر قابل گذشتی از اصلاح‌طلبی جدید روحانیت و دینداران است. با این حال پس از انقلاب مشروطه سال‌ها گذشت تا آن ریشه اصلاح در کلیت حوزههای علمیه جان گرفت و توانست خود را مطرح نماید. حتی تا زمان حیات آیت‌الله العظمی بروجردی عملاً حرکت‌هایی که برای اصلاح صورت می‌گرفت چندان قدرت و توانی نیافت. وجود بزرگانی همچون آیت‌الله العظمی بروجردی که خود جامع علم و دیانت و اعتدال بودند مهم‌ترین دلیل آن است.
در واقع آیت‌اله العظمی بروجردی همزمان دو جنبه را داشت؛ از یک سو خود مظهر بسیاری از صلاحیت‌ها و اعتدال و تعقّلی بود که در اثر آن توانست فشارهای فراوانی که بر نهاد روحانیت در زمان رضاخان آمده بود را جبران کرده و آشفتگی‌های فراوان دین و دین‌داری را ترمیم کند. در نتیجۀ این صلاحیت، نهاد مرجعیت به بالاترین حد خود رسید؛ حدی که نه قبل و نه پس از آن امکان نداشت.
از سوی دیگر، با اقتدار تجسّم یافته در شخص ایشان، هیجان‌ها و انگیزه‌های فراوانی که در دینداران و روحانیت وجود داشت کنترل شده و امکان بروز و ظهور نیافت. بلافاصله پس از رحلت آیت‌الله العظمی بروجردی، این انگیزه‌ها و خشم و قدرت فروخفته دینداران در قیام خون آلود پانزده خرداد تجلی کرد. این قیام اگر چه کاملاً سیاسی و هدف آن حکومت شاه بود امّا بسرعت بازتاب آن به سوی وضعیت درونی حوزه‌ها برگشت. روحانیون اندکی که کاملاً از دیگران متفاوت بودند بزودی دریافتند که قبل از هر چیز ساخت داخلی و هویتی روحانیت و حوزه‌ها ناهماهنگ با هر نوع حرکت اجتماعی و سیاسی است. نتیجه این نگرش این شد که روحانیونی همچون آیت الله قدّوسی وآیت الله بهشتی به فکر اصلاحات بنیادین در حوزه بیفتند. چنین فکر و ایده‌ای کاملاً متفاوت از قبل بود. اصلاحات در این نگرش، کاملاً بنیادین و اساسی و زیربنایی می‌نمود.
نخستین حرکت جدی برای اصلاحات ساختارشکنانه با گروه یازده نفره شکل گرفت. در این گروه آیت‌الله منتظری، آیت‌الله خامنه‌ای، آیت الله هاشمی رفسنجانی، آیت‌الله آذری قمی و بسیاری دیگر حضور داشتند و هدف آن تغییر زیربنایی حوزه‌ها از جهات مختلف بود که بزودی توسط ساواک کشف و افراد آن دستگیر شدند. در این تشکیلات، آیت‌الله قدّوسی نقشی اساسی داشت که بعدها در گفته‌های آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به آن اشاره شده است.
بخوبی در خاطر دارم که حدود یک دهه پس از متلاشی شدن آن تشکیلات یازده نفره، در صحبت‌های خصوصی با پدرم و همراه با برادر شهیدم – محمّدحسن قدوسی- سؤالی اساسی را با ایشان درمیان می‌گذاشتیم، سؤالی که مهم‌ترین نکته در این تشکیلات یازده نفره و اهداف آن بود.
سؤال ما این بود «شما که خود تعداد اندکی از فضلای جوان و غیر مشهور در حوزه بودید چگونه می‌توانستید بر پیران و مشاهیر و مراکز قدرت حوزه غالب شده و ساختار شکل گرفته و کهنه آن را دگرگون کنید؟!»
جوابی که پدرم می‌داد بخوبی نشان دهنده هوش و بینش سرشار و عمق اطّلاع ایشان از واقعیت‌های جامعه روحانیت و جامعه شناسی حرکات اصلاحی بود. پدرم در جملاتی کوتاه گفت «ما مبادی ورودی وجوهات و اموال به حوزه‌ها را هدف می‌گرفتیم و حوزه را تغییر می‌دادیم. با دگرگون کردن ساختار آن مراکز قدرت چاره‌ای جز تسلیم نداشتند!»
اکنون که بیش از چهل سال می‌گذرد هنوز قدرت فکری و جسارت روحی آنان برایم تعجب‌آور است. روحانیان جوانی که اکثر آنان دهه چهارم عمر را تمام نکرده بودند چگونه چنین جسورانه قصد اصلاح کهن‌ترین ساختار سنّتی و نهاد دیانت را کرده بودند تا بتوانند نظمی نوین را جانشین آن کنند. تیزهوشی و عمق اندیشه آنان را سال‌ها طول کشید تا دریافتم.
باز هم بخوبی به خاطر دارم که گاه، همراه برادر شهیدم با پدر به بحث پیرامون انقلاب و امکان آن می‌نشستیم. برادرم جوان بود و فعّال و تندرو و در ارتباط با گروه‌های مسلّح مبارز و نیز زخمی شده در یک درگیری نیمه مسلحانه و من نیز پیرو او بودم و عاشق مبارزه.
بحث با پدرم گاه ساعت‌ها طول می‌کشید و چکیده کلام او این بود که «مشکل ما پیروزی انقلاب نیست، مشکل ما پس از پیروزی و تشکیل حکومت است» شاید اکنون کسی نباشد که اهمیت چنین مطلب و چنین تحلیلی را نداند. اما در آن زمان و در اوج مبارزات حتی به زبان آوردن این کلام با تبعات بسیار منفی همراه بود. در هر حال گروه یازده نفره بسرعت متلاشی شد و این بار شهید قدّوسی و شهید بهشتی به ایده اصلاحی بنیادی تری رسیدند.
آنان دریافتند که مشکل اساسی در شخصیت و هویت روحانی است و حوزههای آن زمان نه تنها تناسبی با جامعه روز ندارد بلکه برای اکثریت روحانیت حتّی آن علم و تقوای سنّتی را هم به ارمغان نمی‌آورد. از اینجا به بعد - احتمالاً در روندی تدریجی - شهید قدّوسی تبدیل به منتقدی شدید و عمیق از روحانیت موجود و تمامی ارکان و ابعاد آن می‌شد. او چنین دریافته بود که برخلاف آن تصور ابتدایی، مشکل اساسی دیانت و دینداران، روحانیونی هستند که اکثر آنان نه تناسبی با دنیای جدید دارند و نه از آن جوهره قدرتمند معنوی و معرفتی گذشته بهره‌ای برده‌اند و تنها میراث و آبروی گذشته همچون سرمایه‌ای غیر قابل تجدید در اختیار آنان است. آنان دوران افول حوزه‌ها را پیش‌بینی می‌کردند و عزم جزم کرده بودند که در این موارد کاری صورت دهند.
شهید قدّوسی با اینکه تمام دوران زندگانی پس از این مرحله را در خدمت حوزه‌ها قرار داشت اما خود منتقدی جدی و عمیق بود. در صحبت‌های خصوصی چندان در انتقادهای عمیق و بنیادین پیش می‌رفت که انسان گمان افراط و مبالغه در کلام او می‌نمود. در هر حال شهید قدّوسی پس از این دوران، تمام وقت خود را در مدرسه حقّانی متمرکز نمود و دوران جدیدی از زندگانی خود را آغاز کرد که تا پیروزی انقلاب ادامه داشت.
تأسیس مدرسه حقانی
مدرسه حقانی اگرچه بر پایه تفکرات اصلاحی پیش از این بنا شده بود اما در آن زمان متمرکز‌ترین، عمیق‌ترین، بنیادی‌ترین و تشکیلاتی‌ترین حرکت اصلاحی در حوزه علوم دینی بود. مدیریت قدوسی در این مدرسه رکن اساسی تأسیس و بنای مدرسه بود و کمک‌های فکری و تشکیلاتی و ارتباطی شهیدبهشتی نقش دوم را در مدرسه ایفا می‌کرد. همکاری آنان کار مشترکی بود که همچون یک کار تیمی موفق، نتایج بی‌نظیری داشت. در واقع همکاری تنگاتنگ این دو، از معدود کارهای جمعی موفق در حوزه و روحانیت محسوب می‌شد و تا پیروزی انقلاب و پس از آن تا زمان شهادت ادامه پیدا کرد.
نخستین محور مدرسه حقانی مسائل روحی و معنوی و تأکید بر آن بود. قدوسی خود فرزند آخوند ملا احمد نهاوندی بود که عالمی با تقوی و زاهدی سختگیر و سختکوش بود. نشو و نمو کردن در چنین خاندانی، از قدوسی عالمی با مقررات سخت و اصول محکم ساخته بود و چنین بود که او خود ضوابطی محکم و استوار داشت و به هیچ صورتی از آن روی برنمی‌تافت تا جایی که گاه دوستان و نزدیکان یا مشاهیر روحانیت از او دلگیر می‌شدند. هرگز از وجوهات رایج حوزه‌ها استفاده نکرد و اصولاً آن را عامل مشکلاتی در زندگانی روحانی می‌دانست. همچنان که بسیاری از امور دیگری را که برای عموم روحانیون، عادی و ابتدایی بود را رد می‌کرد و بر آن اصرار داشت. هرگز امامت جماعت را نمی‌پذیرفت و هر نوع ترویج و تبلیغ خود را با شدت و استحکام همراه می‌کرد و این رویه حتی پس از پیروزی انقلاب و در زمانی که یکی از مهم‌ترین مسئولیت‌های کشور را عهده داشت، ادامه یافت. علاوه بر فضای خانوادگی و روحیات شخصی، او شاگرد علمی و عملی علامه طباطبایی نیزبود و از طریق او به مکتب سلوکی عارف نامدار سید علی قاضی متصل می‌شد و شاید بعضی از روحیات را از استاد خود علامه برگرفته بود. همچون نپذیرفتن امامت جماعت و مخالفت با هر نوع ترویج خویش.
ارتقای سطح علمی طلاب
اهتمام شهید قدوسی
محور دیگر مدرسه حقانی امور علمی بود. از نظرشهید قدوسی، حوزههای علمیه دوران افول علمی خود را طی می‌کردند و امکان نداشت که روحانی بدون مجهز شدن به قدرت علمی و تسلط بر ملکه اجتهاد، بتواند مفید باشد. برخلاف وضعیت امروز حوزههای علمیه و نیز مؤسسات آموزش عالی، مدرسه حقانی با تعداد اندکی از طلاب به حیات خود ادامه می‌داد. تا آخرین سال‌های پیش از پیروزی انقلاب، تعداد طلاب اندکی - کمی بیش از صد نفر- بود و کیفیت را بر کمیت مقدم می‌دانست. به جرأت می‌توان گفت که قدوسی زمان و فرصت بسیار زیادی برای یک طلبه هزینه می‌کرد.
در اوائل دهه پنجاه که شهید قدوسی دست به تأسیس حوزه علوم دینی برای خواهران زد این دقت و وقت‌گذاری از این هم بیشتر شد. اما محور سوم مدرسه حقانی آشنایی طلاب علوم دینی با دنیای جدید و مقتضیات آن بود. قدوسی و بهشتی نیک دریافته بودند که گذشت زمان و ورود علم و تکنیک و تمدن مدرن نه تنها بخش غالب روحانیت و حوزه را تغییر نداده بلکه آن را در لاک دفاعی فرو برده و غیر از بخش اندکی از حوزه‌ها، مابقی در حالتی از مقابله و تحریم و دفاع در مقابل مظاهر عادی و بدون ضرر و حتی مفید تمدن جدید هستند. به زبان امروزی، نتیجه یک قرن تعامل و تقابل روحانیت و تمدن جدید بیش از آنکه به یک روند منطقی و رویه قابل دفاع ختم شود تبدیل به نوعی «مدرن هراسی» و نفی تمامی مظاهر مدرنیسم گشته است. در نتیجه این هراس و نفی و مقابله، روحانیت و حوزههای علمیه به طور کلی از شناخت تمدن جدید و علم و معرفت آن عاجز بودند و چیزی از مختصات آن درنمی‌یافتند. چنین بود که از همان ابتدا سیر معکوس مدرسه شروع شد و تا انتهای مدیریت قدوسی و بهشتی با تمامی ابزار و امکانات پیش رفت. این سیر از ابتدایی‌ترین مسائل چون استفاده از صندلی در کلاس‌های درس و امور ابتدایی دیگر آغاز می‌شد. اکنون ممکن است برای نسل‌های امروزی جای شگفتی و انکار باشد اما واقعیتِ آن زمان چنین بود و همین مقدار تغییرات نیز براحتی و سهولت صورت نمی‌گرفت. تدریس زبان انگلیسی و تدریس رسمی فلسفه‌های غرب و شرق و در نهایت دعوت ازاستادان علوم انسانی دانشگاه‌های معتبر برای تدریس این علوم در مدرسه و اقدامات بعدی که یکی پس از دیگری فضای خشک و منجمد را می‌شکافت و البته چندان هم بدون مشکل نبود. مرحوم بهشتی فلسفه هگل را از روی متن آلمانی آن تدریس می‌کرد و برای بحث و گفت‌و‌گو با طلاب قدیمی مدرسه هر دو هفته یک بار به قم می‌آمد.
جریان روشنفکری دینی
در حوزههای علمیه
از اوایل دهه پنجاه به بعد، نام و شهرت مدرسه حقانی رو به تزاید گذاشت. در دورانی که بسیاری از نگاه‌ها به تغییرات جدید در حوزه دیانت بود، مدرسه حقانی چون جزیره‌ای در دریای خروشان حوزه‌ها به حیات مستقل خود رنگی تازه بخشیده بود و در مقابل امواجی که از هر سو در حرکت بودند، این جزیره توانسته بود برای بسیاری اثبات کند که از جنس دیگری است. درون خود مدرسه نیز از این امواج خالی نبود. در اوج شهرت و تأثیرگذاری جریان روشنفکری دینی حول محور دکتر علی شریعتی، مخالفین و موافقین آن در حوزه با شدت علیه یکدیگر مشغول بودند و درون مدرسه نیز این تصادم، نزدیک و تنگاتنگ بود. جریان مخالفین شریعتی در مدرسه حقانی که در اقلیت بودند به رهبری یکی از فضلای حوزه که اتفاقاً از مدیران و استادان مدرسه بود، بر نظرات خود پافشاری می‌کردند و در مقابل آنان گروه دیگری در طرفداری از او راه افراط می‌پیمودند. قدوسی و بهشتی که راه وسط را می‌پذیرفتند مدافع گفت‌و‌گوی نقادانه و سازنده بودند. جریان مخالفت‌ها سرانجامِ درستی پیدا نکرد و مخالفین شریعتی با اعتراض مدرسه را ترک کردند. همان‌طور که گفته شد تمام مدرسه تا پیروزی انقلاب کمی بیش از صد نفر شاگرد داشت و اهداف بلند و آرزوهای طولانی بنیانگذاران و مدیران آن به تمامی برای این تعداد اندک کارسازی می‌شد.
امید قدوسی و بهشتی این بود که بتوانند برای آینده حوزههای علمیه نسل جدیدی از عالمان دینی را تربیت کنند که از جنس و نوع دیگری باشد. هدف گذاری آنان متفاوت بود. در این میان نام و آوازه مدرسه حقانی همه کسانی را که با نگاه دیگری به حوزه می‌نگریستند و طرفدار تجدیدنظرطلبی در سنت‌های حوزوی بودند را درنوردیده بود.
پس از چند سال بسیاری از مدارس دینی در سرتاسر ایران به دنبال الگوگیری از مدرسه حقانی بودند که در میان آنان از سنتی‌ترین تا نوگرا‌ترین مدارس و مدیران آنها یافت می‌شد. اما با تمام این پیشرفت‌ها و شهرت بیرونی، میزان موفقیت بنیانگذاران در تربیت کادرهایی که آرزوی آن را داشتند در آن زمان روشن نبود و این نیاز به امتحان در میدان‌های اجتماعی و سیاسی داشت؛ چیزی که تنها پیروزی انقلاب توانست زمینه آن را به وجود آورد. در آن زمان کسی تصور نمی‌کرد که اهداف بنیانگذاران بسیار فراتر از زمانه‌ای است که در آن زیست می‌کنند و چه بسا سال‌ها و نسل‌ها لازم است تا بتوان به چنین آرزوهای بلندی دست یافت...
در هر حال با پیروزی انقلاب، تمام کوشش قدوسی و بهشتی برای برپا کردن چنین زیرساخت عظیم و حیاتی، ناتمام و رها شده باقی ماند. آنان در شرایطی قرار گرفته بودند که مجبور بودند با عجله و بدون هیچ آمادگی تمام تلاش خود را در قم رها کنند و به میدان پر اضطراب و آماده نشده سیاست و قضاوت و حکومت بشتابند. شتاب انقلاب و میدان خالی حکومت، اجازه هیچ برآورد و تحلیلی را نمی‌داد و کسی از میزان صلاحیت افراد سؤال نمی‌کرد و هر کس که در دسترس بود بر مسئولیتی گماشته می‌شد. روشن است که سختگیری و تقید شدید قدوسی بر اصول و موازین، به او اجازه همراهی با فضای هیجان‌زده و بدون میزان در اول انقلاب را نمی‌داد. مقابله با مصادره‌ها، احکام افراطی و تندروی‌های اولیه بزودی باعث درگیری شدید میان قدوسی و دیگران شد. زندان اوین اعتصاب کرد اما این بار نه زندانیان؛ که کادرهای قضایی و غیر قضایی بودند که علیه رفتار دادستان کل انقلاب اعتصاب کردند. آنها آزادی در افراطی گری را خواستار بودند تا بتوانند به خیال خود بر طبق موازین انقلاب و اسلام عمل کنند. روزنامه‌های انقلابی شدیدترین تیترها را در صفحه اول خود علیه قدوسی زدند و حتی روزنامه جمهوری اسلامی با وجود هماهنگی بهشتی و قدوسی و بدون اطلاع بهشتی، تیتر تندی علیه دادستان انقلاب زد که البته با واکنش شدید بهشتی روبه‌رو شد، اما شهید قدوسی کسی نبود که در این مسیر کوتاه بیاید و در مصاحبه تلویزیونی با صراحت اعلام کرد «ما برای اسلام انقلاب کردیم و اگر از من چنین رفتارهای نادرستی می‌خواهید هرگز تا عمر دارم انجام نمی‌دهم و اگر مرا به مسلسل هم ببندید تسلیم نخواهم شد!»
اما شرایط در درون حوزه و چند سالی پس از شهادت قدوسی، چندان بر طبق آنچه که قدوسی می‌خواست ادامه نیافت. اکثر آنانی که به دنبال تغییرات در حوزه بودند بزودی به سوی مسئولیت‌های اجرایی رفتند و حوزه به دست کسانی افتاد که دل خوشی از تغییرات عمیق نداشتند. حتی سنت گرایی حوزوی در مواردی حالت افراط پیدا نموده و کار به جایی رسید که مثلاً کتاب «صرف ساده» که نخستین تغییر در متون کهن درسی در مدرسه حقانی بود مورد حمله قرار گرفته و با عبارتی تمسخر‌آمیز می‌گفتند که «صرف ساده مجتهد ساده می‌سازد».
دیگر از اندیشه‌ها و آرمان‌های اصلاحی بهشتی و قدوسی اثر و خبری نبود. گروه اندکی از برجسته‌ترین شاگردان قدوسی و بهشتی کارهای اجرایی را رها کرده بودند و برای ادامه مسیر استادان خود در قم مانده بودند. گروهی از اینان به مشی شاگرد برجسته عرفان عملی مدرسه علامه طباطبایی ملحق شدند و بعضی دیگر با ادامه روش تربیتی استادان خود حداقل برخی از آرمان‌های آنان را پیگیری کردند و البته در دوره‌هایی با فشار مضاعف مدیریت‌های حوزوی روبه‌رو شدند تا جایی که اگر مقاومت آنان نبود کلیت این مسیر از بین می‌رفت.
سال‌های زیادی طول کشید تا جامعه و بخشی از حوزههای علمیه و روحانیت دریافتند که بزرگان نواندیش حوزه برای رسیدن به آن مدینه فاضله‌ای که اول انقلاب فکر می‌کردند، چه سختی‌ها کشیدند. پس از سال‌ها یادی از بزرگان شهید شد. آنان تازه دریافتند که امثال بهشتی و قدوسی چه می‌گفتند و چرا دیگران را دعوت به کاری بنیادین می‌کردند.
اکنون که ده‌ها سال از شهادت آنان گذشته، حوزه علمیه با بهره‌گیری از امکانات فراوان، قدرت تبلیغ و تعداد بی‌شمار طلاب و دانش آموختگان، باید به بررسی آنچه که قدوسی و بهشتی فریاد می‌زدند، بپردازد.
