صهیونیست‌ها به خوبی می‌دانند که در بدترین سناریوها هم ایران از برنامه هسته‌ای خود عقب نخواهد نشست و از سوی دیگر، ایالات متحده گزینه نظامی را به دلیل مقرون به صرفه نبودن سال‌ها است که کنار گذاشته است. اگر نگاهی به عملکرد جمهوری اسلامی در طول سال‌های گذشته داشته باشیم، خواهیم دید که ایران برنامه هسته‌ای خود را از سایر موضوعات و برنامه‌ها مجزا کرده است.
سردار رمضان شریف سخنگوی سپاه با بیان اینکه ترور یک دانشمند در خیابان آن هم با دستگاه ماهواره‌ای نمی‌تواند امنیت ما را خدشه‌دار کند، تاکید کرد: «در عین حال اگر در جایی اشراف اطلاعاتی ما مشکل دارد، باید آن را جبران کنیم.»
مصطفی معین وزیر علوم سابق در واکنش به ترور شهید محسن فخری زاده، از ترور یکی دیگر از دانشمندان کشورمان توسط تروریست های رژیم صهیونیستی در دهه 80 شمسی نوشت و به انتقاد از پنهان کاری در این خصوص پرداخت.
وزارت خارجه روسیه قویاً ترور محسن فخری زاده، دانشمند ایرانی را محکوم کرد و تاکید کرد: «این اقدام با هدف ایجاد بی‌ثباتی در منطقه انجام گرفت».
وزارت اطلاعات اعلام کرد که با اقدامات اطلاعاتی سربازان گمنام امام زمان (عج) سرنخ‌هایی از عاملان ترور شهید فخری‌زاده بدست آمده است.
سخنگوی دبیرکل سازمان ملل متحد با تاکید بر اینکه ما ترور را محکوم می‌کنیم ادامه داد: ما همچنین خواستار خویشتنداری و لزوم جلوگیری از هر اقدامی که به تشدید تنش در منطقه منجر شود، هستیم.
سناتور ارشد دموکرات با «غیرقانونی و تحریک‌آمیز» خواندن ترور شهید «محسن فخری‌زاده» دانشمند ایرانی، تصریح کرد این اقدام برای تضعیف دیپلماسی آمریکا-ایران انجام شده است.
علی ربیعی نوشت: معتقدم هدف از ترور شهید فخری‌زاده، همه آحاد جامعه و آینده ایران است. آنها خواستند با حذف ناجوانمردانه یکی از مفاخر علمی و دفاعی کشور، مسیر ایران را تغییر دهند. این راه اما با هوشمندی مردم و مسئولان و هوشیاری نهادهای تصمیم‌گیر محقق نخواهد شد. البته این ترور یقیناً بی‌پاسخ نخواهد ماند اما نه در آن زمانی که آنها می‌خواهند و نه به شیوه و در جایی که انتظارش را می‌کشند. زمین و زمان بازی را ایران تعیین می‌کند.
سخنگوی حزب کارگزاران با اشاره به ترور شهید فخری زاده، تاکید کرد: ما باید کاملا متوجه عصبانیت و ناراحتی صهیونیست ها باشیم. شرایط منطقه ای در حال تغییر است که خوشایند رژیم صهیونیستی نیست.
قالیباف رییس مجلس شورای اسلامی ضمن تبریک و تسلیت به مناسبت شهادت فخری زاده، گفت: «نهادهای امنیتی عوامل حادثه تروریستی اخیر را شناسایی کنند».