همه حواس ها به قلب امام بود. از نجف و قم گرفته تا تهران. غافل از آنکه سلول های سرطانی بی سر و صدا می تاختند و پیش می رفتند. بی آنکه حتی سر سوزنی خم به ابروی حضرت روح الله وارد کنند. یکباره اما ورق برگشت. آنها وقتی تجمع اصلی شان شکل گرفته بود خود را نمایاندند. حالا دکترها باید به سید احمد آقا این خبر تلخ را می رساندند اما چگونه؟
در دوران بیماری حضرت امام (س) بسیاری از پزشکان پیشنهاد می‌کردند که امام برای مداوا به خارج از کشور رفته و از دانش پزشکان خارجی بهره بگیرند. این پیشنهاد به دلایل گوناگونی با مخالفت امام خمینی (س) مواجه می شد.
در روز جمعه، 5 خرداد ماه بعد از گذشت سه روز از انجام عمل جراحی تیم پزشکی حال امام خمینی (س) را بسیار مطلوب و خوب دانستند. با وجود این، آیت الله هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه از مردم خواستند برای سلامتی امام دعا کنند.
علی رغم آغاز روش شیمی درمانی، در روز سیزدهم خرداد حال حضرت امام رو به وخامت گذاشت و سرانجام ساعت 22:23 دقیقه شب بود که روح خدا به خدا پیوست.
در روز دوازدهم خرداد امام خمینی شیمی درمانی را آغاز کردند. نگرانی به وضوح در وجود خانواده، پزشکان و مسئولین دیده میشد، از همین روز بود که مقرر شد اطلاعیه ها به نحوی منتشر شود که کمی نگرانی در آن دیده شود، و این به معنای آماده کردن امت برای وداع با امامشان بود.
در روز یازدهم خرداد حضرت امام با وجود تنگی نفس که نیمه شب گذشته به آن مبتلا شدند، توانستند در فضای باز بیمارستان با نزدیکان ملاقات کنند، اما با این وجود ایشان درد شدیدی را در روزهای پایانی حیات تحمل می کردند.
در دهم خرداد ماه امام خمینی (س) در نیمه های شب به تنگی نفس مبتلا شدند که این تند نفسی به مدت 28 دقیقه ادامه یافت.
با گذشت چند روز از انجام عمل جراحی به مرور علائمی همچون تنگی نفس، نارسایی قلبی و جمع شدن آب در ریه حضرت امام توسط پزشکان تشخیص داده شده بود، در روز نهم خرداد نیز پزشکان به انسداد مجرای ادراری ایشان پی بردند.
مرحوم آیت الله هاشمی در هشتم خرداد ماه سال 1368 به دیدار امام خمینی (س) در بیمارستان رفته اند، در این دیدار امام به رضایت و خوشحالی از پذیرش قطعنامه علی رغم تلخی پذیرش آن اشاره می کنند، و دلیل آن را کم کردن مشکلی برای دوران بعد از خودشان ذکر می کنند.
علی رغم این که حال عمومی حضرت امام در روز هفتم خرداد مناسب بود، اما پزشکان تشخیص عفونت های شدید غیر قابل بازگشت در بدن ایشان دادند. در خاطرات مرحوم هاشمی رفسنجانی در این روز نیز به نگرانی در ارتباط با مسئله رهبری و نیز اجرای قطعنامه اشاره شده است.