امام باقر (ع) در میان عالمان روزگار خویش و مردم آن دوران، به برتری در علم و فضیلت، شهرت داشت و ایشان را به عنوان داناترین مردم زمان خود میشناختند. امام خمینی (س) در این باره میفرماید: ما مفتخریم که «باقرالعلوم» بالاترین شخصیت تاریخ است و کسی جز خدای تعالی و رسول ـ صلی اللّه علیه و آله ـ و ائمۀ معصومین ـ علیهم السلام ـ مقام او را درک نکرده و نتوانند درک کرد، از ما است.
امام خمینی در وصیت نامه سیاسی ـ الهی خود دربارۀ شخصیت بلند مرتبۀ امام باقر(ع) میفرماید: ما مفتخریم که «باقرالعلوم» بالاترین شخصیت تاریخ است و کسی جز خدای تعالی و رسول صلی اللّه علیه و آله و ائمۀ معصومین علیهم السلام مقام او را درک نکرده و نتوانند درک کرد، از ما است.
از جمله دعاهایی که بعد از نماز زیارت عاشورا می خوانند دعایی مشهور به دعای علقمه است.
شرایط سیاسی جامعه هم عصر امام باقر(ع) فرصتی بود تا آن حضرت بتواند علوم اهل بیت (ع) را نشر دهد، هر چند که دشمنان وجود مبارکش را تاب نیاوردند و در هفتم ذیحجه آن حضرت را به شهادت رساندند.
در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندشان امام جعفر صادق(ع) مسائلی مانند انقراض امویان، بر سر کار آمدن عباسیان، پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح شد.