امام خمینی در 25 آبان 1360 رحلت علامه طباطبایی را ضایعه‌ای برای مسلمین ذکر کرد و در ابتدای سخنرانی مبسوط خودشان، از علامه بزرگ شیعه تجلیل کردند.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی و خبری جماران، این بخش از سخنان امام در ادامه می آید:
«من قبلاً باید از این ضایعه‌ای که برای حوزه‌های علمیه و مسلمین حاصل شد - و آن رحلت مرحوم علامه طباطبایی است - اظهار تأسف کنم و به شما و ملت ایران و خصوص حوزه‌های علمیه، تسلیت عرض کنم. خداوند ایشان را با خدمتگزاران به اسلام و اولیای اسلام محشور فرماید و به بازماندگان ایشان و به متعلقین و شاگردان ایشان صبر عنایت فرماید.»
(صحیفه امام، ج15، ص 363)
گاهی باید با خودمان خلوت کنیم و بیندیشیم که کجا ایستاده‌ایم؟ ما امروز بر شانه‌های بزرگانی ایستاده‌ایم که در دوره‌هایی برای اعتلای تفکر، دود چراغ‌ها خورده‌اند و با تفکر، تعلیم و تألیف، شاکله نظام فکری ما را غنا بخشیده‌اند. امروز بزرگداشت کسی است که غنیمت‌های بسیاری از خود به یادگار گذاشته‌است، امثال مطهری، باهنر، جوادی آملی، بهشتی، دینانی، نصر و... اصلاً انگار نمی‌شود شاگرد علامه باشی و بزرگ نشوی. از این رو برآن شدیم تا به مناسبت روز بزرگداشت وی پای صحبت شاگردانش بنشینیم که امروز هرکدام قطبی فکری و علمی در جامعه‌اند و ابعاد مختلف شخصیت علامه را از کلام آن‌ها واکاوی کنیم.
آیت‌الله جوادی آملی: مهمترین شاخصه این مرد الهی علوم قرآنی و عترت از یک سو و عمل به رهاورد و زاد راه عترت، از سوی دیگر بود، لذا او هم عالم به علم قرآن و عترت و هم متخلق به خلق قرآن و عترت دانسته
شده‌است
دکتر سید حسین نصر: علامه سه طبقه شاگرد داشت؛ شاگردان عمومی ، شاگردان دروس عرفانی و دسته سوم دانشجویان خاص او که تدریس عرفان عملی به این گروه اختصاص داشت. در هر کدام از این طبقه شاگردان، وجهی از گنجینه وجودی علامه انعکاس می‌یافت
دکتر غلامحسین دینانی: علامه تنها فیلسوف نبود، به‌طور نظری و عملی یک عارف، فقیه و اصولی تمام عیار بود. در آن دورانی که علامه درس گفتار می‌گفت، بسیار با فلسفه مخالفت می‌کردند، اما او دوام آورد، همچنین تفسیر المیزان بسیار به او کمک کرد که جایگاهش را در حوزه حفظ کند
متخلق به خلق قرآن
آیت‌الله جوادی آملی، عالم فقید و از مراجع تقلید شیعه، که خود سال‌ها از محضر علامه کسب فیض کرده‌است، پیرامون مقام علمی استادش در تفسیر قرآن، در نشریه «معرفت» چنین می‌نگارد: «تبیین سیرت و سنت این استاد بزرگوار در سایه شرح کوتاهی پیرامون قرآن، تفسیر قرآن و علوم قرآن از یکسو و اخلاق از سوی دیگر میسور است، زیرا مهمترین شاخصه این مرد الهی علوم قرآنی و عترت از یک سو و عمل به رهاورد و زاد راه عترت، از سوی دیگر بود، لذا او هم عالم به علم قرآن و عترت و هم متخلق به خلق قرآن و عترت دانسته
شده‌است».
نمی‌شود متخلق به اخلاق الهی نباشی و بتوانی تفسیری کم نظیر را بر کلام حق بنگاری. در واقع علاوه بر جامعیت علم علامه آنچه تفسیر او را از سایر تفاسیر متمایز می‌سازد، انعکاس و بازتاب آیات حق در وجود و ذات این استاد گرانقدر است.»
حکیمی ذوابعاد
دکتر سید حسین نصر اسلام‌شناس ایرانی مقیم امریکا از دیگر شاگردان علامه طباطبایی در گفت‌و‌گو با شبکه رادیویی فرهنگ از استاد خود چنین می‌گوید: «سعادت داشتم قریب بیست سال از 1337 تا 1357 در خدمت مرحوم علامه تلمذ کنم و روزهای بسیاری را با ایشان در تهران، قم و دماوند بگذرانم. این سعادت در تمام عمر من فراموش نخواهد شد. بنده نهتنها مجنون و شیفته تعالیم علمی، ذهنی و مفاهیم فلسفی ایشان بودم؛ بلکه تعالیم شخصی و القائات معنوی که در شخصیت ایشان بود، همیشه در ذهن من باقی خواهد ماند».
دکتر نصر به سه طبقه شاگردان علامه اشاره می‌کند که طبقه اول به شاگردان عمومی استاد اختصاص داشت و معمولاً در مدرسه فاطمیه قم به آن‌ها درس می‌داد، گروه دیگر شاگردان دروس عرفانی بودند و دسته سوم دانشجویان خاص او بود که تدریس عرفان عملی به این گروه اختصاص داشت. نصر معتقد است که در هر کدام از این طبقه‌ها، وجهی از گنجینه وجودی علامه انعکاس می‌یافت. گروه اول، متون فلسفه اسلامی همراه با رویکرد اجتهادی نسبت به فلسفه سنتی، گروه دوم ریزهکاریهای عرفانی و جنبه‌های عرفانی برآمده از مکتب متعالی ملاصدرا و گروه سوم التزام به عرفان عملی و نظری در کنار تسلط بر متون عرفانی جلوه می‌کرد.
ایشان همواره بر این امر تأکید داشتند که عرفان نظری بدون عرفان عملی به مشتی الفاظ تبدیل می‌شود بنابراین در پرورش شاگردان خاص خود همواره براین امر تأکید بسیار داشتند.
استادی در مقام یک دوست
دکتر غلامحسین ابراهیمی دینانی، چهره ماندگار فلسفه و عضو انجمن حکمت و فلسفه از دیگر شاگردان علامه ضمن تأکید بر رابطه عمیق علامه با شاگردانش می‌گوید: «علامه با شاگردانش جلسات شبانه‌روزی بسیاری داشت که هر جلسه در منزل یکی برگزار می‌شد، در این مجالس چای و بحث به راه بود و هر کس هم که می‌خواست سیگار می‌کشید، علامه هم زیاد سیگار می‌کشید. در این جلسات بحث‌هایی مطرح می‌شد که نظیر آن‌ها را ندیده‌ام».
دینانی در صحبت‌های خود از علامه، همواره بر عاطفه بالای استادش تأکید می‌نهد. چیزی که همواره از صحبت‌های شاگردانش شنیده می‌شود رابطه عمیقی است که فراتر از یک رابطه ساده استاد و شاگرد برقرار است او نه تنها به شاگردانش تفکر می‌آموخت بلکه عشق می‌ورزید.
دینانی در خاطره‌ای از استاد چنین می‌گوید: «علامه به شاگردانش به لحاظ عاطفی توجه خاصی داشت. روزی فهمید که من شعر می‌گویم آمد و از من پرسید که تو شعر می‌گویی و من جواب دادم بله. پاسخ داد خوب است که شعر می‌گویی اما الان نگو. دلیلش را پرسیدم و ایشان گفت که تو فلسفه می‌خوانی، خوف این دارم که ذهنت تخیلی تربیت شود».
علامه معلمی بود که حتی برای کوچکترین ابعاد زندگی شاگردانش دغدغه داشت و همواره مسائل زندگی‌شان را پیگیری می‌کرد.همچنین دکتر دینانی در رابطه با خصایص عرفانی علامه می‌گوید: «علامه تنها فیلسوف نبود، به‌طور نظری و عملی یک عارف، فقیه و اصولی تمام عیار بود. در آن دورانی که علامه درس گفتار می‌گفت، بسیار با فلسفه مخالفت می‌کردند، اما او دوام آورد، زیرا محتاط بود و همچنین تفسیر المیزان بسیار به او کمک کرد که جایگاهش را در حوزه حفظ کند».
علامه به عنوان عالمی روشن‌اندیش گاه مورد ملامت‌هایی هم قرار می‌گرفت اما آنچه او را علامه کرد سعه صدر و پشتکاری بود که وی برای اعتلای تفکر، همواره بر خود واجب می‌دید.
علی رغم مباحثی که پیرامون مقام علمی علامه بیان شد، شاید خالی از لطف نباشد که به نقل قولی از خودش اشاره کنیم که وی چگونه از دوران تحصیلش در کودکی یاد می‌کند و سیر تکامل علمی‌اش را چگونه شرح می‌دهد: «در اوایل تحصیل که به صرف و نحو اشتغال داشتم، علاقه زیادی به ادامه تحصیل نداشتم و از این رو هر چه می‌خواندم، نمی‌فهمیدم و چهار سال به همین نحو گذراندم. پس از آن یک باره عنایت خدایی دامنگیرم شد و در خود یک نوع شیفتگی و بیتابی نسبت به تحصیل کمال، حس نمودم. به‌طوری که از همان روز تا پایان ایام تحصیل که تقریباً هفده سال طول کشید، هرگز نسبت به تعلیم و تفکر درک خستگی و دلسردی نکردم و زشت و زیبای جهان را فراموش نموده و تلخ و شیرین حوادث، برابر می‌پنداشتم، بساط معاشرت غیر اهل علم را به کلی برچیدم، در خورد و خواب و لوازم دیگر زندگی، به حداقل ضروری قناعت نموده باقی را به مطالعه می‌پرداختم. بسیار می‌شد بویژه در بهار و تابستان که شب را تا طلوع آفتاب با مطالعه می‌گذرانیدم و همیشه درس فردا را شب پیش مطالعه می‌کردم و اگر اشکالی پیش می‌آمد با هر خودکشی بود حل می‌نمودم و وقتی که به درس حضور می‌یافتم از آنچه استاد می‌گفت
قبلاً روشن بودم و هرگز اشکال و اشتباه درس را پیش استاد نبردم».
