در تاریخ 11 خرداد 1366 آقایان خامنه ای و هاشمی رفسنجانی در نامه ای خطاب به حضرت امام به دلایل عدم نیاز به وجود حزب جمهوری اسلامی پرداختند.به گزارش پایگاه اطلاع رسانی و خبری جماران، امام خمینی در پاسخ به نامه آقایان موافقت خود را با انحلال حزب اعلام کردند. رهبران حزب جمهوری اسلامی در 12 تیرماه 1366 انحلال حزب را اعلام کردند
متن نامه آقایان خامنه ای و هاشمی رفسنجانی به حضرت امام بدین شرح است :
بسم اللَّه الرحمن الرحیم. محضر مبارک مرجع عالیقدر و رهبر کبیر انقلاب، حضرت امام خمینى- مدظله العالى.
همانطور که آن رهبر عزیز اطلاع دارند، تأسیس «حزب جمهورى اسلامى» از طرف هیأت مؤسس با مشورت آن مقام معظم و در شرایطى انجام شد که نیاز به یک تشکل در برابر انبوه مسائل در آغاز انقلاب و لزوم انسجام و انتظام نیروهاى آگاه و مؤمن و گسترش آگاهیهاى انقلابى و تربیت کادرهاى فعال و کارآمد براى اداره کشور و خنثى کردن توطئه گروهکها و عوامل دشمن خارجى و ضدانقلاب داخلى بشدت احساس مىشد. این حزب در طول سالهاى گذشته در حد توان خود به منظور تثبیت نظام جمهورى اسلامى و انجام تکالیف بزرگى که بر دوش خود حس مىکرد، از هیچ کوششى فروگذار نکرد؛ و در کوران توطئههاى چپ و راست با فداکارى و تقدیم شهدایى که بعضى از آنان چهرههاى برجسته و فراموش نشدنى انقلابند، از جمله شهداى هفتم تیر، نقاب از روى نفاق برانداخت و مظلومیت و حقانیت خط امام را به نمایش گذارد. در طول جنگ تحمیلى، حزب جمهورى اسلامى در سراسر کشور به وظیفه اسلامى خود براى بسیج مردم و شرکت فعال در جبهههاى نور عمل کرد، و جمعى از کادرها و اعضاى آن در این جهاد مقدس به افتخار شهادت نایل آمدند. تعبد افراد این حزب به اسلام و اعتقاد راسخ آنان به ولایت فقیه، که خود عامل مهمى در کینه توزى ضدانقلاب بود، ایجاب مىکرد که در مراحل و مقاطع مختلف انقلاب، با کسب رهنمودهایى از آن مقام معظم، حرکت حزب را تنظیم و سیاستهاى آن را پى ریزى_نمایند .
اکنون به فضل الهى نهادهاى جمهورى اسلامى تثبیت شده و سطح آگاهى و درک سیاسى آحاد ملت انقلاب را از جهات عدیده آسیب ناپذیر ساخته و روشن بینى و توکل و قوّت اراده آن رهبر عالیقدر و فداکارى و آمادگى مردم حزب اللَّه توطئههاى ضدانقلاب داخلى و استکبار جهانى را بىاثر و کم خطر نموده است. لذا احساس مىشود که وجود حزب، دیگر آن منافع و فواید آغاز کار را نداشته، و بعکس، ممکن است تحزّب در شرایط کنونى بهانهاى براى ایجاد اختلاف و دودستگى و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد، و حتى نیروها را صرف مقابله با یکدیگر و خنثى سازى یکدیگر کند. لذا، همانطور که قبلًا نیز کراراً عرض شد، شوراى مرکزى پس از بحث و بررسى مبسوط و مستوفا با اکثریت قاطع به این نتیجه رسید که مصلحت کنونى انقلاب در آن است که «حزب جمهورى اسلامى» تعطیل و فعالیتهاى آن بکلى متوقف گردد .
مراتب براى استحضار و کسب رهنمود عالى معروض مىگردد. والامر الیکم، و ادام اللَّه بقائکم الشریف. سید على خامنهاى- اکبر هاشمى رفسنجانى
بسمه تعالى
جنابان حجج الاسلام آقاى خامنهاى و آقاى هاشمى- دام توفیقهما.
موافقت مىشود. لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان مؤسسین محترم حزب، مورد علاقه اینجانب مىباشند. امیدوارم همگى در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهورى اسلامى کوشا باشید. ضمناً تذکر مىدهم که اهانت به هر مسلمانى چه عضو حزب باشد یا نه بر خلاف اسلام و تفرقه اندازى در این موقع از بزرگترین گناهان است. والسلام علیکما و رحمة اللَّه .
- 11 خرداد 66.
- روح اللَّه الموسوى الخمینى
صحیفه امام؛ ج 20 ص 275-276